Detaylı incelemeye, yasalara ve bilinen izin verme kriterlerine rağmen Bakanlık; izin talebini bilgi ve belgeleri farklı yorumlama sonunda reddedebilir. Bir başvurunun reddedilmesi halinde 1 yıl süre ile yeni bir başvuru kabul edilmediği gibi, takip eden yıllarda yapılan başvurularda, önceki başvurunun olumsuzluğu yeni başvuruyu olumsuz etkileyebilir.
Çalışma Bakanlığı, Türkiye’nin taraf olduğu ikili veya çok taraflı sözleşmelerle sağlanan haklar saklı kalmak kaydıyla ve karşılıklılık ilkesi çerçevesinde çalışma izinlerini, iş piyasasındaki durum ve çalışma hayatındaki gelişmeler, istihdama ilişkin sektörel ve ekonomik konjonktür koşullarının gerekli kıldığı hallerde, belirli bir süre için, tarım, sanayi veya hizmet sektörleri, belirli bir meslek, işkolu veya mülki ve coğrafi alan itibariyle sınırlandırılabilir.
a) İş piyasasındaki durum ve çalışma hayatındaki gelişmeler ve istihdama ilişkin sektörel ve ekonomik konjonktür değişikliklerinin çalışma izni verilmesine elverişli olmaması,
b) Başvurulan iş için ülke içinde, 4 haftalık süre içerisinde o işi yapacak aynı niteliğe sahip kişinin bulunması,
c) Yabancının geçerli bir ikamet tezkeresinin bulunmaması,
d) Bir işyeri, işletme veya meslek için izin talebi reddedilen yabancının aynı işyeri, işletme veya aynı meslek için izin talebinin reddedildiği tarihten itibaren 1 yıl geçmeden yeniden izin talebinde bulunması,
e) Yabancının çalışmasının milli güvenlik, kamu düzeni, genel asayiş, kamu yararı, genel ahlak ve genel sağlık için tehdit oluşturması hallerinde reddedilir.
Yabancının yasal düzenlemede belirtilen sınırlamalara aykırı olarak çalışması veya yabancının ya da işverenin, çalışma izni talep dilekçesinde eksik veya yanlış bilgi verdiğinin sonradan tespit edilmesi halinde; Bakanlık verdiği çalışma iznini iptal eder ve durumu ilgili Bakanlığa bildirir.
Çalışma izni, geçerlilik süresinin sona ermesi dışında;
a) Yabancının ikamet tezkeresinin herhangi bir nedenle geçersiz hale gelmesi ya da geçerlilik süresinin uzatılmaması,
b) Yabancının pasaportunun veya pasaport yerine geçen belgesinin geçerlilik süresinin uzatılmaması, (İçişleri veya Dışişleri Bakanlıklarının uygun görüşlerinin bulunması hali hariç),
c) Yabancının mücbir (zorunlu) sebepler dışında aralıksız olarak 6 aydan fazla yurtdışında kalması çalışma izninin iptali ya da uzatılmaması için gerekçe oluşturur.
Bakanlık çalışma izni verilmesi ya da uzatılması talebinin reddedilmesi, çalışma izninin iptal edilmesi ya da çalışma izninin geçerliliğinin kaybedilmesine ilişkin kararını, yabancıya veya varsa işverenine 7201 sayılı Tebligat Kanunu hükümlerine göre tebliğ eder.
Bakanlıkça verilecek kararlara karşı ilgililer tarafından tebliğ tarihinden itibaren 30 gün içinde itiraz edilebilir. İtirazın Bakanlıkça reddedilmesi hallerinde idari yargı yoluna başvurulabilir.